New XtalEdit released (japanease)

Posted on : November 25, 2003 (Tue) 14:24:41

by Akai

阪大理物性理論の小谷です。
(株)日本総研さんと共同で，結晶モデリングツールXtalEditを開発しました。
http://sham.phys.sci.osaka-u.ac.jp/~kkr/XtalEdit/
がホームページです．ごらんいただけたら幸いです。

ノートに書いたような数式で結晶構造を作り，可視化したり，
対称性などを計算し足りない原子を補ったり，スーパーセルを作ったりができます．
基本的には電子状態計算のためのモデリングツールとして開発しました
(現状では，ABINITやAkaiKKRの入力ファイルのI/Oができます．)
TSPACEでつくった230種の空間群サンプルもあるので，
結晶データベースのデータから結晶の原子位置を求めたり，変形したり，
不純物をいれたりが簡単にできます。
実際，およその空間群のイメージがあれば，たいした知識がなくても使えるかと思います。

描画に関して言えば，市販の(あるいは他の)結晶描画ツールよりも，
非常に簡便で使いやすいとおもいますが，描画力の点では(現状では)劣ります。
また，現在，市場には，相当な価格のモデリングツールなどがありますが，
そういうものに比べても遜色ない作業が効率よくできるかと思います
(というより，研究者レベルではむしろXtalEditのほうが好ましいと感じられるでしょう).
そういうものをワープロとたとえるなら、このXtalEditはTeXのようなもの
を目指しています。

他のいろいろな用途にも使えるかと思います。
自分の使ってる他種のツールと組み合わせることも非常に簡単にできるはずです．
(GUIを持ってはいますが，それが本質的ではないです).

このツールの強みは，もし自分の使ってる描画ツールや電子状態計算の
エンジンと組み合わせたければ，それが簡単にできるということです。で，このツールを
そういう個々のツールをつなぎ合わせる核として利用できると思います。

GUI部分は，Javaで，またユーザーモジュールはPythonでかかれています。またそのPythonから
fortranのプログラムやRasmolなどをコールしています。
で，ユーザーが，メニューバーに自分のユーザーモジュールを付け加えるのに，
javaを知ってる必要はありません。セッティングを変えるだけです。

また，商用(このソフトを含むようなものを売ること)の際は相談がいりますが、
それ以外は非常に自由度の高いライセンスになっています。オープンソースです．
各自が，このXtalEditを改造し，自分のサイトから再配布してもらっても問題ありません。

まだまだ不完全ですが、少しずつよくしていこうとおもっています．
皆様に参加していただいて，いろいろなツールを付け加えていきたいと考えています。
また，現在，NAREGIプロジェクトにおいて，これをさらに発展させ，
分子まで含んだナノビルダーとしていく方向を考えています。
お問い合わせ等があれば、以下，奥野か小谷まで、
あるいはhttp://sham.phys.sci.osaka-u.ac.jp/~kkr/bbs/akaikkr/
に書き込んでください。

Yukihiro Okuno
okuno@osa.sci.jri.co.jp
The Japan Research Institute, Limited.

Takao Kotani
kotani@phys.sci.osaka-u.ac.jp
Osaka UniversityTakao Kotani Osaka University

Re:New XtalEdit released (japanease)--- a little bug for linux

Posted on : November 25, 2003 (Tue) 16:22:13

by kotani

userset.conf is as
--------------------------------------------
### ABINIT ###
{"Exe":"Abinit/Abinit_export.py","Menu":"ABINIT@export","Button":"ABINIT@Export"
,"TextColor":"000000","BackColor":"0066FF"}
{"Exe":"Abinit/Abinit_import.py","Menu":"ABINIT@import","Button":"ABINIT@Import"
,"TextColor":"000000","BackColor":"0066FF"}
--------------------------------------------
Please replace
Abinit/Abinit_export.py
Abinit/Abinit_import.py
with
ABINIT/Abinit_export.py
ABINIT/Abinit_import.py
.

These are pass setting to user modules.
takao